本罪与背信运用受托财产罪的界限
从犯罪构成上来看，本罪与背信运用受托财产罪的区别在于： 其一，两罪的客观行为表现不同。本罪是违反国家相关规定运用社会保障基金、住房公积金以及其它一些公众资金的行为，而背信运用受托财产罪则是违背受托义务，擅自运用客户资金以及其他委托、信托的财产的行为。此外，背信运用受托财产罪中的“违背受托义务”，不仅仅只是局限于违背委托人与受托人之间具体约定的义务，还包括违背法律、行政法规、部门规章规定的法定义务，但委托人与受托人之间具体约定的义务在本罪中则是不存在的。 其二，两罪的犯罪主体不同。本罪的犯罪主体主要是社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司中直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而背信运用受托财产罪的主体则主要是商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构。前者是自然人犯罪主体，后者则是单位犯罪主体。
本罪与挪用类犯罪的界限
两者的区别在于： 第一，本罪与挪用类犯罪的本质及行为结构是不同的。刑法将本罪与背信运用受托财产罪规定在同一条款中，正是因为本罪与背信运用受托财产罪均属于一般意义上的背信类犯罪，背信运用受托财产罪中相关单位违背的是基于客户的委托而产生的信任关系，本罪中行为人违背的则是法律规定的诚实处理公众资金的义务。 第二， 本罪与挪用类犯罪在犯罪构成上也是不同的。本罪与挪用类犯罪在犯罪构成上具有以下几点区别：首先，犯罪对象不同。其次，构成挪用类犯罪必须具备“挪用资金归个人使用”的要件，而构成本罪则无需具备该要件。再次，挪用类犯罪对于资金被挪用后的具体用途以及使用时间长短等内容有着严格的限制，而本罪为独立的罪名，并非挪用类犯罪的注意规定，故本罪中行为人运用公众资金的情况对于资金被运用后的具体用途以及使用时间长短等内容并无特别要求。最后，挪用类犯罪成立条件之一的“利用职务上的便利” 与本罪成立条件之一的“违反国家规定”是不同的。
