本罪与生产、销售不符合卫生标准的食品罪的界限
1、犯罪手段不同。前者生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料，后者生产、销笛的食品不符合卫生标准。如果掺入的物质有毒害性，但其本身是食品原料，其毒害性由于该食品原料污染或腐败变质引起的，造成严重危害结果的、按生产、销售不符合卫生标准的食品罪论处。
2、对危害结果的要求不同。生产、销售有毒、有害食品罪是行为犯，实施该行为即构成犯罪；生产、销售不符合卫生标准的食品罪是危险犯，只有存在足以造成了严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患的才构成犯罪。
本罪与投毒罪的界限
投毒罪有故意与过失两种。本罪与故意投毒罪的区别关键在于犯罪目的不同：故意投毒罪的目的是使不特定多数人死亡或伤害，直接危害公共安全，而本罪的目的多为牟利，虽然行为人对掺入有毒、有害的非食品原料是明知的，但并不追求危害结果的发生，行为人对引起危害公共安全的后果只能是间接故意。与过失投毒罪的区别关键在于对在食品中掺入有毒、有害的非食品原料的主观心理态度不同：过失投毒罪不是故意在食品中掺入有毒、有害的非食品原料，而是由于疏忽大意或过于自信造成的；而本罪则是故意在食品中掺入有毒、有害的非食品原料。具体言之，完全因为过失而将有毒、有害的物质掺入食品当中的，应当认定为过失投毒罪；明知是有毒、有害的物质而故意掺入食品当申，但又不具故意投毒的目的，应认定为生产、销售有毒、有害食品罪。另外，本罪可由自然人或单位构成，但投毒罪只能由自然人构成。
本罪与重大责任事故罪和玩忽职守罪的界限
区别关键往于主观方面不同：本罪是在生产、销售的食品中故意掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品；而重大责任事故罪和玩忽职守罪对食品中掺入有毒、有害的非食品原料主观上既非故意，又非明知。
