在实践中，对接受间谍组织及其代理人的任务的和为敌人指示轰击目标的间谍行为是否具有危害我国国家安全的性质较好认定，而对参加间谍组织的间谍行为是否具有危害我国安全则较难把握。只要查明行为人参加间谍组织所针对的目标是什么，就可判断行为人的行为是否危害了我国国家安全。若行为人的目标是针对我国而参加间谍组织的，就可认为是对我国国家安全造成了危害。因为，国家安全的危害，并不需要具有物质性的损害结果，国家安全受到危害在行为人参加间谍组织时就一并存在。
2、要把参加间谍组织的间谍分子同这些组织中的非间谍分子加以区别。所谓非间谍分子，是指间谍组织中未履行参加间谍组织的手续，也未进行间谍活动的工程技术、一般勤杂、医务、传达、庶务等人员。这些人员虽然也来我国旅游、探亲、学术交流、经贸洽谈等，但没有进行间谍活动的，不能按间谍罪予以追究。
3、行为人参加间谍组织，接受了间谍组织及其代理人任务后，又去实施所接受的任务，诸如，进行窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或进行如暗杀、放火、爆炸、投毒等破坏活动的行为(称其他犯罪，，应如何处理了是以间谍一罪论处，还是按间谍罪与其他所犯的罪数罪并罚?对此，有不同意见。一种意见认为，行为人接受间谍组织及其代理人的任务而进行其他犯罪的;依法构成间谍罪与其他所实施的犯罪，予以并罚。理由是行为人所实施这些犯罪已超出了间谍罪的构成要件范围，应单独处罚，予以数罪并罚;另一种意见认为，对于接受间谍组织及其代理任务而进行其他犯罪的，只构成间谍罪，而不构成数罪给予并罚。理由是，接受任务的行为与完成任务的行为之间存在着内在的事实上的联系性。并且，要实施完成任务的行为的故意在行为人接受任务时一并客观存在。
我们认为，行为人参加间谍组织，接受间谍组织及其代理人的任务而进行其他犯罪的，在构成间谍罪的同时，又构成了其他所犯的罪，应予数罪并罚。
