区分本罪与武器装备肇事罪的界限
武器装备肇事罪主要是在武器装备的操作使用过程中发生的，行为人主要是武器装备的操作使用人员；而擅自改变武器装备编配用途罪则主要是在武器装备的管理过程中发生的，行为人主要是武器装备的管理人员而不是操作使用人员。如果武器装备的操作使用人员违反武器装备的管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，造成严重后果的，也应以擅自改变武器装备编配用途罪论处，而不宜定为武器装备肇事罪。
使用武器装备实施其他犯罪的定罪
擅自改变武器装备的编配用途，使用武器装备去实施其他犯罪的，如使用装备枪支杀人，动用舰艇、军用飞机走私等，如果没有造成上述严重后果的，一般应将其擅自改变武器装备编配用途的行为作为实施其他犯罪的一个情节从重处罚。但是在使用武器装备实施其他犯罪过程中，造成重要武器装备严重毁损，人员重伤死亡及其他严重责任事故，或者影响部队完成重要任务等严重后果的，则应实行数罪并罚。
区分本罪与非法出租、出借枪支罪的界限
擅自改变武器装备编配用途罪非法出租、出借枪支罪，客观方面都有改变武器装备 (枪支)原有用途的行为，其区别主要有以下几方面，
1、擅自改变武器装备编配用途罪所侵害的是武器装备的管理秩序，而非法出租、出借枪支罪所侵害的是公共安全秩序。
2、擅自改变武器装备编配用途罪的行为范围比较广泛，包括了以出租、出借的方式擅自改变枪支的编配用途，其行为必须造成了严重后果，属于结果犯，而非法出租、出借枪支罪的行为仅限于出租、出借枪支，且并不要求已造成严重后果属于行为犯。
3、擅自改变武器装备编配用途罪属于过失犯罪，而非法出租、出借枪支罪属于故意犯罪。
在具体案件中，擅自改变武器装备编配用途罪和非法出租、出借枪支罪可能出现犯罪竞合的现象，即军人违反武器装备管理规定，以出租、出借的方式擅自改变枪支的编配用途。由于这两种犯罪的法定刑相同，犯罪构成要件又互有交叉，鉴于行为人是军人，故可适用军人违反职责罪的规定，以擅自改变武器装备编配用途罪论处。
本罪与玩忽军事职守罪的法规竞合
本法对擅自改变武器装备编配用途罪和对玩忽军事职守罪的规定存在部分法规竞合关系，即对玩忽军事职守罪的规定可以包括对擅自改变武器装备编配用途罪中某些行为的规定。当指挥人员玩忽职守的行为表现为不正确履行职责，擅自改变武器装备的编配用途时，如果是平时，以擅自改变武器装备编配用途罪论处。如果是战时，以玩忽军事职守罪论处。因为战时犯玩忽军事职守罪的法定刑要重于擅自改变武器装备编配用途罪的法定刑，如果仍适用对擅自改变武器装备编配用途罪的规定，将可能造成罚不当罪的结果。
区分本罪与指使部属违反职责罪的界限
擅自改变武器装备编配用途罪与指使部属违反职责罪在主观上都是过失犯罪，而且都造成了严重后果，其主要区别有以下几点：
1、擅自改变武器装备编配用途罪仅表现为违反武器装备的管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，其内容比较单一，范围比较狭窄，而指使部属违反职责罪表现为滥用职权，指使部属进行违反职责的活动，其内容比较复杂，范围比较广。
2、擅自改变武器装备编配用途罪是一般主体，而指使部属违反职责罪是特殊主体。
在具体案件中，擅自改变武器装备编配用途罪与指使部属违反职责罪可能发生犯罪竞合的现象，即指使部属所进行的违反职责活动就是违反武器装备的编配用途来使用武器装备，如有一个部队的领导，擅自让一架正在执行飞行训练任务的直升飞机临时去为地方一个商场的开业庆典撤广告传单，结果直升飞机在现场盘旋时，不慎撞在一座大楼顶上的电视天线上，造成机毁人亡的严重后果。对这种情况应按处理想象竞合犯的原则，以较重的罪名指使部属违反职责罪论处。
