本罪与知情不举行为的界限
《国家安全法》第17条规定，公民发现危害国家安全的行为，应当直接或者通过所在组织及时向国家安全机关或者公安机关报告。但是该法并没有规定知情不举的刑事责任。本罪在是国家安全机关向其调查的情况下发生的，它不是一般的知情不举，二者必须严加区分。
本罪与包庇罪的界限
根据本法第310条的规定，包庇罪是指明知是犯罪分子而向司法机关作假证明掩盖其罪行或者帮助其湮灭罪迹，隐匿、毁灭罪证以使其逃避法律制裁的行为。包庇罪在客观上只能由作为构成，而本罪在客观上只能由不作为构成。
