1、侵害的客体不同。强奸罪侵害的客体，是妇女性的不可侵犯的权利，而奸淫幼女罪侵害的客体、则是幼女的身心健康。因为幼女正在发育成长时期，对社会生活中的许多事物缺乏辨别能力，既不知道性交行为的性质和可能产生的结果，也不可能真正表达自己的意志，容易上当受骗，幼女被奸后，往往会摧残幼女的身心健康。这两个罪不仅侵害的客体不同、而且侵犯的对象也不同。强奸罪侵犯的对象是14周岁以上少女或者成年妇女，奸淫幼女罪侵害的对象，只能是不满14周岁的幼女。
2、客观方面不同，强奸罪，行为人使用暴力、胁迫或者从他手段，致使妇女不敢抗拒、不能抗拒、无法抗拒和不知抗拒，违背妇女意志，强行与之性交的行为。而奸淫幼女罪，则不论行为人采用什么手段，也不问幼女是否同意，只要与不满14周岁的幼女发生性交的行为，就构成奸淫幼女罪。
3、主观故意的内容不同，强奸罪，行为人必须具有奸淫的目的，而且只有具有奸淫的目的，才能构成强奸罪，否则，就不构成此罪。而奸淫幼女罪、行为人不仅具有奸淫幼女的故意和奸淫的目的，而且行为人必须明知对方是不满14周岁的幼女，才能构成奸淫幼女罪。如果行为人确实无法从幼女的外表判断其叼可能尚不满14周岁，也不具备了解该幼女实际年龄的条件，也就不能定为奸淫幼女罪。
虽然在很多方面，奸淫幼女罪与强奸罪有相似之处，但从本质上来讲，这二者还是不一样的。需要注意，我国《刑法》中并没有规定奸淫幼女罪，而对于奸淫幼女的行为则一般是按照强奸罪定罪处罚的，而此时起刑点就为3年有期徒刑。
