高速公路违法占用应急车道扣六分。同时还会被扣除六分的情形有驾驶机动车运输危险化学品，未经批准进入危险化学品运输车辆限制通行的区域的；驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的等。
法律依据
《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条机动车驾驶人有下列交通违法行为之一，一次记6分：
（六）驾驶机动车运载超限的不可解体的物品，未按指定的时间、路线、速度行驶或者未悬挂警示标志的；
（七）驾驶机动车运输危险化学品，未经批准进入危险化学品运输车辆限制通行的区域的；
（八）驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的；
（九）机动车驾驶证被暂扣或者扣留期间驾驶机动车的；
（十）造成致人轻微伤或者财产损失的交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的；
（十一）驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的。
